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一个视频揭秘AFA超声提取FFPE核酸的不同之处!

版权所有,转载请联系基因市场部
2019-09-06

对于FFPE样本核酸抽提,是否总是有那么点不尽如人意?FFPE样本是目前疾病分子层面及临床研究的重要样本来源,往往下游需要进行文库构建测序来获取更多疾病信息,但提取的核酸质量常导致文库构建失败或缺失很多信息。面对大家对FFPE样本核酸提取质量日益增长的需求,Covaris  truXTRAC FFPE 核酸提取解决方案来帮您,一起来看看对比传统抽提方法它有什么不同之处吧!(下拉还有独家秘密视频放送,直观解析Covaris 超声如何高效主动脱蜡!)

我们不一样

1.取样只收集想要的组织区域!

常规对于FFPE玻片样本收集,都是用刀片全部刮取下来。但有时候只想要癌组织部分,不想要癌旁部分,这时候咋整?

 Covaris 贴心小工具 tissuePICK来帮您!专为从玻片上收集FFPE样本组织而设计,惰性材质,不参与任何反应,超小截面和独特的表面特性,黏附力强,像笔一样使用方便,告别手术刀导致的多余石蜡和组织区域的刮取,只收集想要的区域,使石蜡组织收集更有效率,帮助提高核酸得率,减少样本损失!


2.脱蜡更彻底!

还在用二甲苯、矿物油等脱蜡?其实二甲苯不仅对生物党们身体有毒,而且脱蜡又不彻底,稍微厚一点的(>10μm)组织切片就难以渗透,脱蜡效率就更低了。相信很多人要重复脱两遍蜡的时候。蜡脱不彻底会咋样?石蜡就成了阻碍阻碍下一步蛋白酶K消化的屏障,所以组织消化也不够咯,此外,二甲苯还容易造成核酸降解,本就量少的FFPE样本其实这么一折腾最后的核酸得率质量都受很大影响,也许很多意想不到的基因信息就这么不经意的丢失了。

Tips:Covaris引入独门绝技 AFA(Adaptive Focused Acoustics,自动聚焦声波技术)超声来对FFPE样本进行超声乳化脱蜡,想象一下,有聚焦超声的帮助,裂解液和蛋白酶K能够由内而外、由外向内的全方位无死角侵入组织内部脱蜡乳化、组织消化,这样纳米级别的处理当然使得样品脱蜡消化更彻底啦!这是Covaris FFPE核酸提取优于传统试剂盒的一个独门大杀器!Covaris truXTRAC® FFPE 方案可处理5~50μm厚FFPE组织样本,并且DNA和RNA可同时提取, AFA超声乳化有多神奇?看下面小视频!20μm厚石蜡组织在超声作用下10秒内乳化成看起来如牛奶般均匀,这些白白的都是脱下来的石蜡小颗粒噢!

 


3. 蛋白酶K组织消化更彻底!

蛋白酶K消化是为了将DNA与结合的蛋白质分离以及消化样品中可能存在的任何核酸酶,从而防止防止可能带来的核酸降解。保证蛋白酶K与组织充分接触对于消化至关重要!Covaris AFA 超声,使蛋白酶K充分渗入组织内部,帮助消化更彻底。组织消化需要一定时间的孵育,消化孵育时间过短,DNA不能充分释放,将导致核酸提取的得率低。Covaris推荐在前一步加入Covaris truXTRAC®裂解buffer和蛋白酶K再AFA超声处理后56℃下孵育一小时完成组织消化。消化的时间过短,DNA的释放不充分,使核酸得率降低。

4.解交联更温和!

由于FFPE样本制备过程中,甲醛固定使得核酸和蛋白紧密交联,需要将二者解交联。由于前一步组织消化使得样本呈水化状态,因而这一步需要尽量在温和的环境下解交联。一般的试剂盒均是在90℃孵育一小时。Covaris truXTRAC®FFPE核酸提取孵育温度降到80℃,条件更温和,对核酸的损害更小,提高核酸质量!

5.更适合文库测序!

 对于下游应用只做NGS的同志们来说, Covaris truXTRAC®FFPE 核酸提取过程中还可加入Covaris AFA 超声片段化步骤,无需转移操作,减少样本损失和污染的同时还节省打断管。

FFPE样本与新鲜样本提取DNA测序覆盖度比较:其中横坐标表示染色体,深色为覆盖度大于10x的区域,Covaris truXTRAC提取的样本,测序覆盖度更加均一,更接近新鲜的冰冻样本!

想了解更多Covaris truXTRAC FFPE 信息可点击以下链接:

如何从FFPE样本中获得高质量核酸?

看这里,FFPE样本核酸提取秘笈!

评估FFPE RNA质量还在看RIN值?

从FFPE样品中获得完整性好的RNA,你可能还不知道这种方法


基因有限公司作为Covaris公司中国区独家代理商,为您提供最完整的DNA 片段化解决方案,也可为您提供ChIP实验、FFPE样本核酸提取、蛋白提取解决方案等。基因有限公司的宗旨是“专才为专家服务”,有专业团队为各大科研机构提供安装培训,技术支持,应用培训与售后维护一条龙服务,赢得客户的一致好评与信任。想要了解更多,请关注我们的官方微信“基因快讯”或联系您身边的基因有限公司员工。

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