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无需Carrier RNA的游离核酸(cfDNA)提取方式 ——减少PCR过程中的抑制作用

版权所有,转载请联系基因市场部
2019-08-02

       cfDNA(cell-free DNA) 是肿瘤和产前诊断研究中,被证实有用的标记物。但cfDNA在体液中的含量非常低,通常含量在0.10ng-100ng/mL血浆。为了提高单位血浆中游离核酸的得率,一般的游离核酸抽提试剂盒会加入carrier RNA,并随游离核酸一起洗脱到核酸样本中。因此,利用此试剂盒抽提取的核酸包含了游离核酸和carrier RNA。


      Carrier RNA (poly(-A) RNA): poly(A) 钾盐,来源于ADP多核苷酸磷酸化酶处理,一般长度为几百到几千bp,是长度不等的核酸片段。


优点:

       针对微量样本提取核酸时,Carrier RNA 提高核酸与柱膜的结合能力,帮助高效回收核酸。


弊端: 

1. 通过吸光光度测定方法来定量,很难将其区分开,导致核酸定量的不准确,需要使用荧光测定法。

2. Carrier RNA的存在可能对PCR有抑制作用,尤其是数字PCR。需要优化PCR方案,找到最优的Carrier RNA使用量。

——论Carrier RNA


      如何在不加入Carrier RNA的前提下,也能分离纯化到满足定量PCR、NGS、数字PCR等下游应用的游离核酸?


NucleoSnap® DNA Plasma

       NucleoSnap® DNA Plasma 采用真空抽滤的方法,在真空抽滤装置上,可同时提取24个1-10mL血清、血浆、尿液等样本, 结合&洗涤过程无需使用离心机。提取到的游离核酸可用于NGS, qPCR, 数字PCR等检测手段。

优势:

1. 抽提速度快,仅需要45min

2. 无需carrier RNA


NS

应用数据

5mL EDTA血浆中纯化cfDNA

NucleoSnap® DNA Plasma kit 和竞争对手(Competitor Q)比较结果


从Cell-Free DNA BCT® (Streck)提取cfDNA

3个不同Cell-free DNA BCT® 保存的样品,分别使用 NucleoSnap® DNA Plasma (MN) 和a vacuum-processed kit of a competitor (Q)提取cfDNA.使用Bioanalyzer™ 2100 with a High Sensitivity DNA Kit (Agilent)检测,分离到的游离核酸在170bp附近有典型的峰(箭头标记)


10mL尿液中分离cfDNA电泳图
抽提的cfDNA使用 Bioanalyzer™ 2100 with a High Sensitivity DNA Kit (Agilent)分析,在170bp附近有典型的片段分布


NS

试剂盒原理和使用流程

NucleoSnap® (Snap-off columns) principle


NucleoSnap® DNA Plasma procedure


     基因有限公司作为MACHEREY-NAGEL的全国一级代理,可为您提供针对不同类型样本,例如血液、组织细胞、植物、真菌、土壤、粪便等的DNA和RNA核酸抽提解决方案。详细产品资料可留言或联系身边基因人。

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